ՀՀ վարչապետի որոշմամբ, Էդվարդ Հովհաննիսյանը նշանակվել է ՊԵԿ նախագահի տեղակալ: «Ղեկավարվելով «Պետական կառավարման համակարգի մարմինների մասին» Հայաստանի Հանրապետության օրենքի 7-րդ հոդվածի 3-րդ մասով. Էդվարդ Հովհաննիսյանին նշանակել պետական եկամուտների կոմիտեի նախագահի տեղակալ»,-ասված է որոշման մեջ: Էդվարդ Հովհաննիսյանը փետրվարի 14-ից ղեկավարել է ՊԵԿ հետաքննության և օպերատիվ հետախուզության վարչությունը: Կոմիտեում աշխատում է 2009թ-ից: